AlphaFold 3 把结构预测扩展到蛋白质、核酸与配体的全分子交互，但发布时的封闭访问引发争议。两年过去，DiffDock、Boltz、Protenix 等开源阵营追到了哪一步？AF3 又有哪些被实测证实的失败模式？本文梳理截至 2026 年 10 月的格局。